万历三十二年（1604年）四月，皦生光被判斩首，神宗大怒，改为凌迟，此事就此打住。

后续结果：

皦生光死后，离奇的第二次“妖书案”就此不了了之，“妖书”的真正作者始终没有知道。妖书案之后，“劫杠案”发。

妖书案之后，楚王朱华奎以助工为由，向朝廷贡献万两白银。运送途中，在汉阳被不满朝廷处理方式的楚国宗室朱蕴钤纠集数百劫走。地方通判等官当场拘捕了带行劫的宗犯32名，送往狱中。继而楚王宗族群起闹事，突府院，想要夺回银两和被捕的宗。副使周应治（鄞县，任广东参政时在惠州建“天泉书院”，见叶梦熊《天泉书院记》）等无法约束，甚至被殴，只得匿身民间。兵部尚书、右副都御史、湖广巡抚赵可怀，本熟悉楚藩况，因之前办理“伪楚王”案中顺沈一贯意，宗藩恨赵可怀不公，赵可怀提讯要犯时，被朱蕴钤和朱蕴訇挣断刑枷，当场打死。万历三十三年四月，朱蕴钤与朱蕴訇解送湖广承天府处死，朱华堆等三自杀，朱华焦、朱蕴钫等被幽禁，史称“劫杠案”。

过了一段时间后，朝野开始流传“妖书”其实出于武英殿中书舍赵士桢之手。

赵士桢是明朝历史上杰出的火器专家，一生研制改进了多种火器。因其在征治上不得志，名字未能如宋应星、徐光启那样彪炳史册。

赵士桢的一生，颇富传奇色彩。他早年是太学生，在京师游学。他能写一手好字，书法号称“骨腾飞，声施当世”，时争相买他所题的诗扇。有个宦官也十分喜欢赵士桢的书法，买了一把诗扇带宫中，结果被明神宗看见，大为赏识，赵士桢平步青云，以布衣身份被召朝，任鸿胪寺主簿。鸿胪寺有点类似于国宾馆，常职责是凡外国或少数民族的皇帝、使者，到京师朝见皇帝或进贡，按等级供给饮食及招待。

赵士桢为慷慨有胆略，游颇广。万历五年（1577年），张居正丧父，因贪恋权位不肯回家奔丧，发生了震惊朝野的“夺”事件，五名大臣因此被廷杖。赵士桢不畏连，予以调护，词翰声誉甚盛，号称“他途仕”名士。不过，他因“生平甚好讦，与公卿亦抗不为礼”，加上又因为制造火器得罪了不少，一生并不得志，当了十八年鸿胪寺主簿才升为武英殿中书舍，还经常受到怀疑、诽谤。皦生光被杀后，京中盛传妖书“是东嘉赵士桢所作也”。赵士桢为此而身心劳瘁，据说他已经神错，甚至多次梦见皦生光索命，终于一病不起，抑郁病亡。

但赵士桢是妖书作者始终只是传说，并没有证据，真正的作者到底是谁，始终没有知道。“妖书案”虽平，但其影响所及，却已远逾宫廷，遍及朝野，险恶的宫廷斗争也并没有就此平息。

妖书案后接着又发生了著名的“明末三案”，事实上都是东林谠争的延续。