名残余农民军想逃往汉南，被游击将领远阻截，于是从长宁驿逃到了张家川。
有一支从清水分出的贼寇力量较强，副将蒋一阳同他们相遇后战败，都司李宫用被捕了。曹文诏于是使用反间计，使其他首领上当，让他们杀死了红军友，然后赶至水落城打败了他们，追到静宁州的时候，贼寇飞奔占领了唐毛山，变蛟率先攻上山
，全歼了这支农民军。
民变首领满天飞、郝临庵、刘道江被王承恩打败后，退保铁角城。独行狼、李都司赶去同他们会合，满天飞、刘道江于是就携手围攻合水。曹文诏前去援救。
农民军隐藏了自己的
锐部队，只让一千多骑兵出来迎战，引诱明军抵达南原时，伏兵大起。
城上的
都说曹将军已经死了。曹文诏拿着长矛来回冲击，单枪匹马被包围在万余名农民军中间。
各军见状，就出兵夹击援助，农民军大败，伏尸遍野，残余的农民军逃往桐川桥去了。
曹文诏率领曹变蛟、冯举、张嘉谟及其参将方茂功等追上他们，冲锋陷阵，拼命厮杀，农民军又大败。
不久曹文诏与宁夏总兵贺虎臣、固原总兵杨麒在甘泉虎兕凹打败农民军，都大获全胜。
总兵洪承畴在平凉斩了满天飞，降服其将领白广恩，其余的农民军分路逃窜了。曹文诏赶到陇州、平凉、凤翔之间追歼他们。
这年十月，三次战斗三败农民军。接着就
向耀州锥子山的农民军，其党羽杀死独行狼、郝临庵后投降了。洪承畴杀了其中四百多，其余的遣散回家。关中的农民军这下子略略被剿平了。
巡抚御史范复粹在递给朝廷的奏章中总计历次战斗中共获首级三万六千六百多，曹文诏的功劳第一，张嘉谟第二，王承恩、杨麒又在其次。文诏在陕西时，大小几十次战斗，立功最多，洪承畴却没有给他记功。巡按御史吴生生十分推重文诏，复粹也再次上书汇报，但兵部还是压低他的功绩，最后还是没有给曹文诏论功行赏。
在这个时候，农民军看到陕西兵力强盛，就大都流
山西，他们的首领紫金梁、混世王、姬关锁、八大王、曹
、闯塌天、兴加哈利分别统帅七大营部。
每部数多的有一万，少的也有五千，在汾州、太原、平阳等地肆意活动。
御史张宸极上书朝廷说：“贼寇是从陕西来的。陕西将领曹文诏素有威名，士绅百姓为他编歌谣称赞说：‘军中有一曹，西贼闻之心胆摇。’而且他曾经在山西立过功，陕西的贼寇已消灭殆尽，应该下令让他进山西帮助围剿贼寇。”于是朝廷命令山西、陕西的各位将领一同受曹文诏指挥。
崇祯六年正月，曹文诏抵达霍州，在汾河、盂县打败农民军，又乘胜追击到寿阳。巡抚许鼎臣派遣谋士张宰在大军赶到之前先期尝试着跟农民军战斗，贼寇给惊退了。
二月，曹文诏追击他们，在碧霞村杀了混世王，剩余的农民军被猛如虎驱赶跑，在方山同曹文诏的军队相遇，又被打败，五台、盂县、定襄、寿阳的贼寇都平定了。
许鼎臣命令曹文诏驻军平定，防守太原的东部，命令张应昌驻军汾州，防守太原西部。曹文诏接连又在太谷、范村、榆社等地打败农民军，太原的农民军差不多被剿平了。
朱由检因为曹文诏立功最多，命令他所经过的地区多积攒粮
犒劳他的兵马，并且敕令曹文诏尽快农民军。山西监视军
的宦官刘中允上书说：”曹文诏在徐沟、盂县、定襄围剿贼兵时，这些地方的主管部门不但不给他们稻米，反而用大炮打伤他们的士兵。“朱由检就把此事
给御史察问。
三月，农民军从河内登上太行山，文诏在泽州打败了他们。贼兵逃往潞安曹，文诏到阳城遇到农民军没有打击它，而是从沁水偷偷地出兵拐回来。在芹地、刘村寨袭击他们，斩获了千余首级。
四月，农民军屯兵润城，另外的队伍又打下了平顺，杀害了知县徐明扬。
曹文诏一到，农民军就撤退了，于是曹文诏半夜里袭击润城，斩获农民军一千五百。
紫金梁、老回回从榆社逃往武乡，过天星逃往高泽山，曹文诏都赶去把他们打败了。
另外的贼兵围攻涉县，听说曹文诏打下了黎城，就赶忙解围离去。
五月，朱由检派宦官孙茂霖做曹文诏军中的中军官。
农民军攻打沁水，曹文诏把他们打得大败，活捉了他们的首领大虎，又在辽城毛领山西面打败了他们。
农民军在屡次战败的况下，避开曹文诏的主力，大都流向黄河以北去了。
朱由检帝于是命令文诏移兵前去讨伐。
而农民军已在林县打败了邓玘的军队，曹文诏率领五营兵力夜晚出袭，打败了他们。
七月又在柴陵村打败了怀庆的农民军，斩杀其首领滚地龙，又在林源追杀了老回回。
曹文诏在洪
时，同当地休闲在家的御史刘令誉不和。
到这个时候，刘令誉来按察河南。
四川石石主土官马凤仪的军队在侯家庄被打败，靠着曹文诏的快马赶到才打退农民军。
战斗结束后曹文诏刚刚解甲休息，同刘令誉见了面，说话又不投机。
曹文诏拂衣而起，当面斥责了他。
刘令誉恼了，就把凤仪的败亡作为曹文诏的罪过。
兵部认为曹文诏仗着打了几回胜仗就骄傲起来了，于是把他调往大同。
崇祯七年七月，清军关西征
汉，回师时就随便进了大同境内，攻占了得胜堡，参将李全自杀身亡，于是就围攻怀仁县以及井坪堡、应州等地。曹文诏同总督张宗衡先驻扎在怀仁坚守。
八月，怀仁解了围，就移兵驻扎在镇城，向清军挑战，失败而回。
后来，灵丘以及其他屯兵的城堡大多失陷，清军凯旋而归。
十一月朝廷评定各将的罪过，曹文诏、张宗衡以及巡抚胡沾恩一同被定罪充军到边地的卫所。
命令刚下达，山西巡抚吴生生就上书推荐文诏知兵善战，请求把他安排到山西来。于是朝廷命令他做援剿总兵官，让他立功赎罪。
这个时候，河南的战祸尤其厉害，朱由检本来已经同意了兵部的意见，又传令让曹文诏率兵紧急前往河南剿贼。吴生生又抗言上书力争，请求让曹文诏先平定山西的贼寇，然后进军河南，朱由检没有同意。然而，曹文诏因为吴生生对自己有恩，最后还是取道太原，被吴生生留住了。
这个时候，山西的农民军首领高加计已被歼灭，而凤阳失陷了，曹文诏于是整顿军队南下，于崇祯八年三月同洪承畴在信阳相会。
洪承畴非常高兴，立即就让他到随州进攻农民军，曹文诏追杀农民军三百八十多。
四月，洪承畴驻扎在汝州，因为农民军全跑到关中去了，决定回先铲除农民军的老巢，于是分别命令各位将领把守要害，发布檄文召曹文诏关，曹文诏于是骑马到灵宝拜见洪承畴。
洪承畴认为农民军在商州和雒南两地，如果听说明军过去，一定会先逃往汉中，那时大军由潼关进汉中，反而会落在农民军的后面。
于是命令曹文诏从阌乡取山路到商州和雒南，农民军老巢，然后再从山阳、镇安、洵阳等地赶到汉中来，阻止他们逃跑。
并且对他说：“这次行军，道路迂回曲折，路程遥远，将军很辛苦，我聚集关中的兵力等待将军的到来。”然后亲切地拍着他的背