有一些虽然能造海船，但是它们的设施是不是适合建造西式的帆船还是个问题。所以，对于船厂进行一定的改造自然就是必须的事了。

相比台湾，泉州的那些船厂的条件要更好一些。不过郑芝龙并不打算将建造西式帆船的事放在泉州，这倒不是因为郑芝龙担心将来满清会打过来，大陆上的船厂会变得不安全，而是出于如下的几点考虑：

首先是郑芝龙并不打算将那些西式帆船直接编郑家明面上的船队。因为他觉得，有些自己不太方便公开的事，用这支船队去做，就会非常方便。反正这支船队都是西式帆船，只要不挂着他郑芝龙的旗帜，在雇佣一些本或者西洋流汉，哪怕跑到朝鲜去抢一把，朝廷也绝对找不到他郑芝龙上来。将船厂建在台湾，可以大幅度的减少被发现的风险。

其次则是技术方面的考虑了。如今中国大陆上并没有太多适合制造上等的战舰的木料了。比如用来建造帆船龙骨的整根的上百英尺长的巨木，比如适合用来做西式帆船的更高的桅杆的木料，如今在大陆上都很少见了。但是在还没有完全开发的台湾，况却完全不同，在那里的森林里，还有很多适合用于造船的参天大树。将船厂建在台湾也便于就近使用台湾的木材。于是郑芝龙做出了这样的决定：将原本在北港的修船厂扩建成能建造巡航舰的造船厂。同时在北港筑城，以巩固这个据点。